Memasuki ruangan dalam gereja, setiap orang akan langsung terpesona oleh pemandangan yang menyinarkan keagungan dan kemuliaan Tuhan. Sinar matahari pagi yang masuk menembus jendela kaca patri menambah indahnya pesona gereja Katedral ini.
Pilar yang kokoh berbaris di kedua sisi menyangga atap, membentuk lorong. Di kedua sisi itu terdapat galeri pada ketinggian 7 meter, yang dulu tempat untuk paduan suara. Saat ini sudah tidak digunakan lagi untuk tempat paduan suara mengingat kondisinya yang tidak memungkinkan. Tempat ini sekarang sebagian dimanfaatkan untuk museum.
Langit-langit terbuat dari kayu jati untuk mengantisipasi gempa bumi, dan bukan dari batu sebagaimana lazimnya. Tinggi langit-langit itu 17 meter.
Di tengah-tengah ruangan, pada deretan bangku umat terdapat mimbar pengkothbah. Mimbar ini dipasang pada tahun 1905, dengan atap berbentuk seperti kulit kerang yang berfungsi sebagai pemantul suara. Mimbar ini merupakan hadiah pada perayaan pesta perak Imamat Mgr Luypen dan diresmikan oleh Pastor Wenneker. Mimbar bercorak gotik ini dibuat oleh Firma Te Poel dan Stoltefusz di Den Haag seharga 6.000 gulden. Pahatan pada bagian depannya menggambarkan Kotbah Yesus di Bukit (Matius 5-7) dan pengutusan para murid oleh Yesus (Matius 28:18-20). Kedua relief itu diapit oleh patung St. Carolus Boromeus (pelindung Pastor Wenneker), St. Edmundus (pelindung Mgr Luypen) dan patung St. Petrus Canisius (seorang Yesuit suci yang berasal dari Belanda). Jauh di atas papan pantul suara yang melengkung seperti sebuah kerang raksasa ini terdapat pahatan keempat pengarang Injil. Diatas pegangan kanan-kiri anak tangga pertama berdirilah rasul Petrus dengan sebuah kunci ditangannya (Matius 16, 19) dan rasul Paulus yang memegang sebuah Kitab dan pedang sedangkan di kaki mimbar terdapat delapan kepala setan.
Pada setiap sisi dinding terdapat lukisan jalan salib yang dilukis di atas ubin-ubin, dibuat oleh seniman grafis Amsterdam yaitu Theo Molkenboer. Gambar tersebut mulai ditempel pada tembok tahun 1912. Di setiap gambar Yesus diberi aurrola yang dilapisi emas.
Pada sudut belakang terdapat patung Pieta yang dipesan di Belanda dengan harga 650 gulden, dipasang untuk menggantikan patung Pieta lama yang terbakar tahun 1957 akibat menjalarnya api lilin.
Di sisi sebelah kiri dan kanan ruangan terdapat ruang untuk pengakuan dosa, 2 ruangan pada masing-masing sisinya.
Pengguna kursi roda, disediakan area drop off di depan pintu utama gereja. Umat dimohon untuk tidak memarkir kendaraan pada area tersebut.
