1807 – 1826

Dengan adanya perubahan politik di Belanda khususnya kenaikan tahta Raja Louis Napoleon, seorang Katolik, membawa pengaruh yang cukup positif. Kebebasan umat beragama mulai diakui oleh pemerintah. Pada tanggal 8 Mei 1807 pimpinan gereja Katolik di Roma mendapat persetujuan Raja Louis Napoleon untuk mendirikan Prefektur Apostolik Hindia Belanda. Prefektur Apostolik adalah suatu wilayah Gereja Katolik yang bernaung langsung di bawah pimpinan Gereja Katolik di Roma, yang dipimpin bukan oleh seorang Uskup, melainkan oleh seorang Imam biasa yang ditunjuk oleh Paus, yang disebut Prefek Apostolik.

Pada tanggal 4 April 1808, dua orang Imam dari Negeri Belanda tiba di Jakarta, yaitu Pastor Yacobus Nelissen, Pr dan Pastor Lambertus Prinsen, Pr.[1] Yang diangkat menjadi Prefek Apostolik pertama adalah Pastor J. Nelissen, Pr.

Setelah sekitar dua abad perayaan ekaristi dilarang di Hindia Belanda, pada tanggal 10 April 1808, untuk pertama kalinya diselenggarakan misa secara terbuka di Batavia di rumah Dokter F.C.H Assmuss, kepala Dinas Kesehatan waktu itu. Dokter Assmuss bersama dengan beberapa kawan berhasil mengumpulkan sejumlah orang dan sebagian besar adalah tentara. Upacara Misa berlangsung sederhana dengan tempat yang kurang memadahi. Kedua Pastor tersebut untuk sementara tinggal di rumah Dokter Assmuss.

Pada bulan Mei, kedua Pastor itu sempat pindah ke rumah bambu yang dipinjamkan pemerintah untuk digunakan sebagai pusat sementara kegiatan-kegiatan katolik. Letaknya di asrama tentara di pojok barat daya Buffelsveld atau Lapangan Banteng (sekarang kira-kira di antara jalan Perwira dan Jalan Pejambon, di atas tanah yang saat ini ditempati oleh Departemen Agama). Pada tanggal 15 Mei 1808, perayaan Misa Kudus pertama dirayakan di gereja darurat (kira-kira tempat parkir Masjid Istiqlal). Pada waktu itu juga telah dibentuk Badan Pengurus Gereja dan Dana Papa, yang terdiri atas Prefek Apostolik J. Nelissen sebagai ketua, dengan anggota-anggota Chevreux Le Grevisse, Fils, Bauer dan Liesart.

Selama tahun 1808, mereka membaptis 14 orang, yaitu seorang dewasa keturunan Eropa Timur, delapan anak hasil hubungan gelap, di antaranya ada empat yang ibunya masih berstatus budak, dan hanya lima anak dari pasangan orang-orang tua yang sah status perkawinannya.

Karena dirasa perlu adanya sebuah rumah ibadah yang dapat digunakan untuk mengumpulkan umat, pada 2 Februari 1810, Pastor J. Nelissen, Pr mendapat sumbangan sebuah kapel dari Gubernur-Jenderal Meester Herman Daendels, yaitu sebuah kapel sederhana yang terletak di pinggir jalan Kenanga, di daerah Senen, menuju Istana Weltevreden (sekarang RSPAD Gatot Subroto). Kapel ini dibangun oleh Cornelis Chasteleijn (+ 1714) dan sebelumnya dipakai oleh jemaat Protestan yang berbahasa Melayu dan pada hari biasa dipakai sebagai sekolah. Kapel ini merupakan milik Gubernemen yang dihadiahkan berikut semua isinya, termasuk 26 kursi dan sebuah organ yang sudah tidak dapat digunakan. Karena kondisi bangunan yang kurang layak, Pastor Nelissen segera mengerahkan sejumlah orang untuk merenovasi. Semua pekerjaan ini dipercayakan kepada pengusaha Tjung Sun dibawah pengawasan Jongkind, arsitek, atas nama Dewan Gereja. Kapel inilah yang menjadi Gereja Katolik I di Batavia. Dalam bulan yang sama, Gereja Katolik pertama di Batavia ini diberkati dan sebagai pelindungnya dipilih Santo Ludovikus. Gedung itu memang tidak bagus namun dirasa cukup kuat karena terbuat dari batu dan dapat menampung 200 umat. Di dekat gedung gereja itu dibangun sebuah Pastoran sederhana yang terbuat dari bambu.

Pada tanggal 10 Mei 1812 Sir Thomas Stamford Raffles, gubernur Pulau Jawa, beserta istrinya menjadi ibu/bapak permandian dari Olivia Marianne Stamford Raffles Villeneuve, putri dari Ludorici Francisci Josephi Villeneuve dan Jeanna Emilie Gerische Conjugum.[1]

Pada tanggal 6 Desember 1817, jenasah Prefektur Apostolik pertama, Mgr Jacobus Nellisen, yang meninggal karena sakit TBC disemayamkan di kuburan Tanah Abang.[1] Digantikan Pastor Prinsen, Pr yang sejak tahun 1808 bertugas di Semarang. Meskipun Pastor Prinsen, Pr telah menjadi Prefek Apostolik Jakarta yang ke dua, beliau lebih sering berada di Semarang

Pada tanggal 27 Juli 1826, terjadi kebakaran di segitiga Senen. Pastoran turut lebur menjadi abu bersama dengan 180 rumah lainnya, sementara itu gedung gereja selamat namun gedungnya sudah rapuh juga dan tidak dapat digunakan lagi.