Berada di ruangan sayap kanan. Orgel ini buatan perusahaan Verschueren, Belgia dan dibawa ke Jakarta pada tahun 1988. Orgel dengan ornamen kayu yang menjulang tinggi ini berasal dari sebuah orgel yang telah dipreteli, yaitu dari desa Amby di pinggiran kota Maastricht, dengan corak neogotiknya sangat cocok dengan artisektur Katedral Jakarta. Untuk memasang orgel yang terdiri dari 15 register dengan 1000 pipa ini, secara khusus didatangkan tiga insinyur dari Belgia.
Pengguna kursi roda, disediakan area drop off di depan pintu utama gereja. Umat dimohon untuk tidak memarkir kendaraan pada area tersebut.
