Gereja dengan gaya neo-gotik, yang diresmikan pada tanggal 21 April 1901 itulah yang menjadi gereja Katedral di Jakarta hingga saat ini.

Berbagai peristiwa mewarnai lebih dari 100 tahun berdirinya Gereja Katedral ini. Pada tahun 1924 untuk pertama kalinya seorang Uskup ditahbiskan dalam Gereja Katedral, yaitu Mgr A. Van Velsen SJ dan tahun berikutnya sidang pertama Majelis Wali-wali Gereja di Indonesia diadakan dalam Pastoran Katedral.
Kardinal Agaginian, seorang Armenia, mengunjungi Jakarta pada tahun 1959 dan diterima dengan meriah oleh Gereja dan pimpinan Negara RI. Pembicaraannya dengan para waligereja dan pembesar ordo yang berkarya di seluruh Indonesia penting bagi masa depan. Hasilnya diumumkan pada tahun 1961 : Gereja di Indonesia bukan daerah misi lagi, melainkan Gereja Bagian yang berdiri sendiri. Vikaris Apostolik Jakarta, Mgr. Adrianus Djajasepoetra, yang ditahbiskan di Katedral Jakarta oleh Duta Besar Vatikan pada tanggal 23 April 1953, sepuluh tahun tahun kemudian diangkat menjadi Uskup Agung. Pada saat itu (1962) Keuskupan Agung Jakarta mencakup 14 Paroki dengan jumlah umat 32.599 orang. Propinsi Gerejani Jakarta mencakup juga keuskupan lain yaitu Bogor dan Bandung.

Pada tahun 1963/1965 para Uskup Indonesia ikut serta dalam konsili Vatikan II, yang membawa banyak perubahan dalam pastoral dan liturgi Gereja. Waktu para Uskup masih berada di Roma, di Jakarta pecah G30S PKI, sehingga Katedral perlu dijaga oleh para Pemuda Katolik dan tentara.

Peristiwa lainnya yang menggembirakan bagi umat Jakarta adalah Kunjungan Paus Paulus VI (1970) dan Paus Johanes Paulus II (1989) ke Indonesia yang disambut oleh Mgr Leo Soekoto. Ibadat dirayakan dengan meriah oleh Paus Paulus VI bersama banyak Uskup di Katedral. Pada waktu kunjungan Paus Yohanes Paulus II di Keuskupan Agung Jakarta sedang berlangsung Sinode Pertama.

Seiring dengan masa 100 tahun ini, pada tahun 1988 dilakukan pemugaran untuk memperbaiki kerusakan-kerusakan dan membersihkan lumut serta pengecatan ulang. Disamping itu juga dibangun gedung Pastoran dan gedung pertemuan yang baru dibagian belakang gereja. Pada 13 Agustus 1988, purnakarya pemugaran gereja Katedral diresmikan oleh Bapak Soepardjo Roestam yang pada saat itu beliau menjabat sebagai Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat R.I, hadir mewakili Presiden Soeharto. Acara dimeriahkan dengan konser orgel oleh bapak Hub Wolfs, organis dari basilica Santo Servatius di kota Maastrich dan oleh Pastor Alfons Kurris Pr, dosen di konservatorium di kota yang sama. Mgr Leo Soekoto memberkati orgel pipa yang baru dan megah itu, sebuah orgel yang mempunyai 15 register dan diperlengkapi dengan 1000 buah pipa. Berselang-seling kedua organis yang professional itu memperdengarkan karya-karya klasik, yang oleh komponis-komponis seperti Vivaldi, Bach dan Cesar Frank diciptakan khusus untuk instrumen rajawi itu.

Pada tahun 2002 juga sempat dilakukan pembersihan dan pengecatan ulang pada dinding luar gedung gereja Katedral karena lumut banyak tumbuh merambat di dinding.

Ketika gedung ini pertama kali dibangun dulu, para pejabat genie (pasukan zeni) waktu itu menilai gedung gereja yang menghabiskan biaya 628.000 gulden rancangan P.A Dijkmans tersebut sebagai "gedung yang terlampau kuat" mengingat struktur gedung dan material yang digunakan sungguh-sungguh pilihan yang terbaik. Maka sampai sekarang - 100 tahun sesudahnya - gereja Katolik utama di Jakarta tetap berdiri tegak.