Para imam dan umat mulai mengupayakan dibangunnya gereja yang baru. Tanggal 01 November 1890 ditandatangani sebuah kontrak antara Monseigneur Claessens dan pengusaha Leykam tentang pembelian tiga juta batu bata. Ukurannya harus sesuai dengan contoh yang dilampirkan dan harganya ditetapkan 2,2 dan 2,5 sen sebuah. Mulai tanggal 1 Desember 1890, setiap bulannya harus diserahkan 70.000 buah batu bata dari perusahaan pembakaran. Jumlah batu bata yang retak dan pecah tidak boleh melebihi 10%. Dari kondisi ini jelaslah bahwa pembangunan gereja dilakukan secara lebih professional.

Orang yang ditunjuk dan dipercaya untuk menjadi perencana dan arsitek pembangunan gereja ini adalah Pastor Antonius Dijkmans, SJ seorang ahli bangunan yang pernah mengikuti kursus arsitektur gerejani di Violet-le-Duc di Paris Perancis serta Cuypers di Nederland. Pastor Antonius Dijkmans SJ yang sudah tiba di Jakarta dua tahun sebelum gereja runtuh, sebelumnya sudah membangun dua gereja di Belanda. Beliau juga merancang dan membangun kapel Susteran Jl. Pos 2, pada tahun 1891.

Pada pertengahan tahun 1891 mulai dilakukan peletakan batu pertama untuk memulai pembangunan gereja tersebut. Setelah kurang lebih setahun berjalan pembangunan terpaksa dihentikan karena kurangnya biaya. Selain itu, pada tahun 1894 Pastor Antonius Dijkmans, SJ harus pulang ke Belanda karena sakit dan akhirnya meninggal dunia pada tahun 1922. Pekerjaan pembangunan macet dan misa tetap dilaksanakan di garasi Pastoran.

Uskup baru, Mgr E.S. Luypen SJ (1898-1923) mengumpulkan dana di Belanda dan Insinyur M.J. Hulswit memulai pembangunan lagi. Batu "pertama" diletakkan dan diberkati pada tanggal 16 Januari 1899, sebagai tanda dimulainya lagi pembangunan gereja ini. Pada bulan November balok-balok atap di pasang.

Untuk mendukung dana pembangunan gereja, umat tidak tinggal diam saja. Badan Pengurus Gereja bersama umat dua kali mengadakan undian (loterai), satu kali sebelum pelatakan fondamen, kemudian sebelum pembangunan atas dimulai. Dalam arsip gereja masih tersimpan neraca sebagai berikut :

Karena subsidi dari pemerintah tetap ditolak, maka neraca ini merupakan harapan dan kekurangan yang sebenarnya ialah Fl 187.000,- . Untuk menutup kekurangan itu dikeluarkan obligasi sebesar Fl 50.000,- dan pengumpulan derma di kalangan umat Katolik maupun diluarnya ditingkatkan.

Yang mengagumkan ialah bahwa Badan Pengurus Gereja bersama umat dengan usahanya sendiri sanggup mengumpulkan seluruh biaya. Maka persangkaan banyak orang saat ini bahwa gereja Katedral semata-mata dihadiahkan oleh Pemerintah Belanda ternyata tidak benar.

Selain arsitek baru, ada juga seorang kontraktor bernama van Schaik. Sedangkan Ir. van Es mewakili Badan Pengurus Gereja sebagai bouwheer. Konstruksi besi kedua menara digambar dan dikerjakan oleh Ir. van Es sendiri.

11 tahun sesudah keputusan Badan Pengurus Gereja, 10 tahun sesudah peletakan batu pertama, gereja selesai. Perlu diingat bahwa selama 7 tahun pembangunan gereja terhenti karena kehabisan dana, sehingga pembangunan sebenarnya hanya berlangsung 3 tahun.

"De Kerk van Onze Lieve Vrowe ten Hemelopneming - Gereja Santa Maria Diangkat Ke Surga" diresmikan dan diberkati oleh Mgr. Edmundus Sybradus Luypen, SJ, seorang Vikaris Apostolik Jakarta pada tanggal 21 April 1901. Dalam upacara peresmian tersebut banyak dihadiri para pejabat dan umat. Mgr Luypen berdoa sejenak di hadapan patung Maria yang terdapat diantara dua pintu utama, lalu tepat pada pukul 08.00 pagi, Mgr. Luypen mulai mengelilingi seluruh gereja dan memerciki dengan air suci sambil diiringi paduan suara Santa Sesilia, yang pada tanggal 22 November 1865 didirikan oleh Tuan C.G.F. can Arcken. Prosesi terdiri dari pembawa salib, putra altar, para imam dan akhirnya sang Vikaris Apostolik. Di muka altar semua berlutut dan menyanyikan litani Segala Orang Kudus. Misa Pontifikal dengan liturginya yang kuno nan luhur diselenggarakan oleh Bapa Uskup, didampingi lima imam. Paduan Suara Santa Sesilia dengan pimpinan bapak Toebosch dan dengan iringan organ menyanyikan Misa karangan Benoit.

Mulai sejak itu gereja utama di Jakarta itu layak disebut Katedral, karena didalamnya terdapat cathedra, yakni Tahta Uskup.