Prefek Apostolik pertama, Mgr. J Nelissen, Pr yang meninggal dunia pada tanggal 6 Desember 1817, digantikan oleh rekannya Pastor Prinsen, Pr yang sejak tahun 1808 bertugas di Semarang. Meskipun Pastor Prinsen, Pr telah menjadi Prefek Apostolik Jakarta yang ke dua, beliau lebih sering berada di Semarang.

Pada waktu itu yang menjabat sebagai Komisaris Jenderal adalah Leonardus Petrus Josephus Burggraaf Du Bus de Ghisignies, seorang ningrat yang juga beragama Katolik, berasal dari daerah Vlaanderen di Belgia. Beliau memiliki wewenang penuh di Batavia, serta lebih tinggi kekuasaannya dari seorang Gubernur Jenderal. Selama jabatan Tuan Du Bus De Ghisignies, 1825-1830, Gereja Katolik Indonesia bisa bernafas lega. Beliau beragama Katolik dan sangat memperhatikan kebutuhan umat. Beliau juga sangat berjasa dalam menciptakan kebebasan kehidupan beragama di Batavia waktu itu. Salah satu jasanya adalah Regeringsreglement yang dibuatnya, pada pasal 97 diletakkan: "Pelaksanaan semua agama mendapat perlindungan pemerintah". Beliau juga mendesak Pastor Prinsen untuk segera menetap di Jakarta.

Melihat kebutuhan umat yang mendesak akan adanya gereja untuk tempat ibadah, Tuan Ghisignies mengusahakan tempat untuk mendirikan Gereja baru. Beliau memberi kesempatan kepada Dewan Gereja Katedral untuk membeli persil bekas istana Gubernur Jenderal di pojok barat/utara Lapangan Banteng (dulu Waterlooplein) yang waktu itu dipakai sebagai kantor oleh Departemen Pertahanan. Pada waktu itu, diatas tanah tersebut berdiri bangunan bekas kediaman panglima tentara Jenderal de Kock. Umat Katolik saat itu diberi kesempatan untuk membeli rumah besar tersebut dengan harga 20.000 gulden. Pengurus gereja mendapat pengurangan harga 10.000 gulden dan pinjaman dari pemerintah sebesar 8.000 gulden yang harus dilunasi selama 1 tahun tanpa bunga.

Pada tahun 1826 Tuan Ghisignies memerintahkan Ir. Tromp untuk menyelesaikan "Gedung Putih" yang dimulai oleh Daendels (1809) dan kini dipakai Departemen Keuangan di Lapangan Banteng. Ir. Tromp diminta juga membangun kediaman resmi untuk komandan Angkatan Bersenjata (1830) dan sekarang dikenal sebagai Gedung Pancasila di Jl. Pejambon. Order ketiga pada Ir. Tromp adalah merancang Gereja Katolik pertama di Batavia. Tempatnya adalah yang sekarang dipakai Gereja Katedral.

Atas desakan Komisaris-Jenderal Du Bus De Ghisignies, Ir. Tromp merancang gereja baru berbentuk salib sepanjang 33 x 17 meter. Ruang altar dibuat setengah lingkaran, sedang dalam ruang utama yang panjang dipasang 6 tiang. Gaya bangunan ini bercorak barok-gotik-klasisisme; jendela bercorak neo-gotik, tampak muka bergaya barok, pilaster dan dua gedung kanan kiri bercorak klasisistis. Menara tampak agak pendek dan dihias dengan kubah kecil atasnya. Maka, gaya bangungan itu disebut eklektisistis. Ditambah lagi dua gedung untuk pastoran yang mengapit gereja di kanan kiri serta deretan kamar-kamar dibelakangnya. Rupanya rancangan Ir. Tromp ini membutuhkan dana yang cukup besar dan melampaui kemampuan finansial gereja waktu itu. Maka rancangan ini tidak pernah terlaksana.

Oleh karena itu, gedung yang diperoleh umat Katolik tersebut, atas usul Ir. Tromp dirombak sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk gereja. Bangunan ini sebenarnya adalah gedung dengan sebuah ruangan luas di antara dua baris pilar. Di kedua sisi panjangnya dilengkapi dengan gang. Di tengah atap dibangun sebuah menara kecil enam persegi. Di sebelah timur sebagian dari rumah asli tetap dipertahankan untuk kediaman pastor dan di sebelah barat untuk koster. Altar Agungnya merupakan hadiah dari Komisaris Jenderal du Bus Ghisignies. Gereja yang panjangnya 35 meter dan lebarnya 17 meter ini pada tanggal 6 November 1829 diberkati oleh Monseigneur Prinsen dan diberi nama Santa Maria Diangkat ke Surga.

Gereja itu cukup membantu para imam dalam menjalankan misi pelayanannya di Batavia. Umat yang mengikuti misa semakin banyak. Untuk pertama kalinya, pada tanggal 8 Mei 1834, empat orang pribumi suku Jawa dibaptis di gereja ini.

Seiring dengan berjalannya waktu, gereja tersebut mengalami banyak kerusakan. Perbaikan yang dilakukan hanya bersifat tambal sulam saja. Kemudian pada tahun 1859 diadakan renovasi yang cukup besar. Menurut pengamatan seorang ahli bangunan, menara yang ada di tengah atap merupakan penyebab terjadinya kerusakan dan kebocoran. Menara tersebut terlalu berat bagi struktur atap gereja, sehingga menekan tembok dan menimbulkan kebocoran dimana-mana. Oleh karena itu diusulkan untuk membongkar menara kecil tersebut dan menggantinya dengan sebuah menara baru yang terletak di atas pintu masuk, di sebelah barat. Akhirnya pada tanggal 31 Mei 1880 gereja ini mulai difungsikan lagi setelah selesai direnovasi.

Hampir sepuluh tahun kemudian, 9 April 1890, ditemukan bagian-bagian gereja yang mulai rusak, Setumpuk kapur dan pasir berserakan dekat sebuah pilar. Keadaan ini cukup mencemaskan para imam, terutama Pater Kortenhorst yang pagi itu sempat menginjak setumpuk kapur dan pasir tersebut. Pada hari yang sama sekitar pk. 09.00 pagi, Pastor Kortenhorst dan Pastor Luypen memeriksa situasi gereja. Salah satu pilar nampak mengkhawatirkan. Pada pk.10.30 keadaan pilar tampak lebih buruk dan semakin memprihatinkan. Banyak kapur mulai terlepas lagi. Tidak lama kemudian, ketika para pastor memasuki sakristi, bangunan gereja ambruk disertai suara gemuruh yang mengerikan. Seluruh pekarangan ditutupi debu sehingga orang tidak dapat melihat lebih dari lima langkah. Jam saat itu menunjukkan pukul 10.45 pagi. Hari itu tepat 3 hari sesudah perayaan Paskah.

Ketika debu sudah mulai turun, kehancuran gereja mulai nampak jelas. Atapnya menganga. Sebelum peristiwa ini, masih ada 68 bangku terbuat dari kayu jati dan kini tinggal 10, sisanya rusak berat. Selain itu, yang masih berdiri utuh adalah altar, pelataran imam dan ruang sakristi serta menara.

Kondisi gereja saat itu sangat parah dan tidak memungkinkan untuk penyelenggaraan misa. Untuk sementara waktu misa diselenggarakan di dalam garasi kereta kuda yang disesuaikan fungsinya untuk gereja darurat.