Sejak kedatangan dan kekuasaan Vereenigde Oostindische Company (VOC) di Indonesia tahun 1619 - 1799, Gereja Katolik dilarang secara mutlak dan hanya bertahan di beberapa wilayah yang tidak termasuk VOC yaitu Flores dan Timor. Imam-iman Katolik diancam hukuman mati, kalau ketahuan berkarya di wilayah kekuasaan VOC. Pastor Egidius d'Abreu SJ dibunuh di Kastel Batavia pada zaman pemerintahan Gubernur Jenderal JP Coen, karena mengajar agama dan merayakan Misa Kudus (1624) di penjara.

Pastor A. de Rhodes, seorang Jesuit Perancis, pencipta huruf abjad Vietnam, dijatuhi hukuman berupa menyaksikan pembakaran salibnya dan alat-alat ibadat Katolik lainnya di bawah tiang gantungan, tempat dua orang pencuri baru saja digantung, lalu Pastor A. de Rhodes diusir (1646). Yoanes Kaspas Kratx, seorang Austria, terpaksa meninggalkan Batavia karena usahanya dipersulit oleh pejabat-pejabat VOC, akibat bantuan yang ia berikan kepada beberapa imam Katolik yang singgah di pelabuhan Batavia. Ia pindah ke Macau, masuk Serikat Jesus dan meninggal sebagai seorang martir di Vietnam (1737)

Pada akhir abad 18 Eropa Barat diliputi perang dahsyat antara Perancis dan Inggris bersama sekutunya masing-masing. Simpati orang Belanda terbagi, ada yang memihak Perancis dan sebagian lagi memihak Inggris, sampai negeri Belanda kehilangan kedaulatannya. Pada tahun 1806, Napoleon Bonaparte mengangkat adiknya, Lodewijk atau Louis Napoleon, menjadi raja Belanda.