Pada tanggal 16 Juni 1874 Pastor Claessens diangkat sebagai Vikaris Apostolik. Mgr Claessens melihat suatu perubahan iklim yang besar di Indonesia. Tahun 1869 Terusan Zues dibuka dan dalam sepuluh tahun selanjutnya perusahaan-perusahaan pelayaran berkembang dengan cepat. Namun beliau tidak antusias melihat perkembangan ini. Bahkan beliau menyarankan orang Katolik tidak mencari kehidupan di Batavia sebab moralitas masyarakat Belanda begitu rendah.

Tahun-tahun terakhir dari Mgr Claessens amat tragis dan mirip hari-hari tua Mgr Vrancken. Dalam tahun 1888 Mgr Claessens sudah mencapai usia 70 tahun dan hampir 40 tahun berkarya di Indonesia. Pada pertengahan 1890 beliau disarankan untuk berobat ke Eropa tapi tidak dihiraukan. Kemudian Mgr Claessens merasa begitu lemah sehingga Pater van Santen diangkat menjadi sebagai Pro -Vikaris. Selanjutnya Mgr Claessens pindah ke Bogor. Pada tanggal 23 Mei 1892 Mgr Claessens diberhentikan dari jabatan Vikaris Apostolik dan Pater Walterus Staal ditunjuk sebagai Vikaris Apostolik yang baru. Mgr Claessens wafat pada 10 Juli 1895.