Pastor Scholten diangkat menjadi Prefek Apostolik ke 3. Pada waktu Mgr Scholten menjabat Prefek Apostolik, dimulialah karya misi yang pertama di luar pulau Jawa, yaitu Padang. Beliau tidak segan-segan menjual mebel pastoran untuk membiayai perjalanan ke Sumatera guna mengunjungi orang-orang Katolik di sana, pada akhir 1834. Di Padang beliau bertemu dengan Pere Candalh M.E.P, seorang imam Perancis yang tak lama lagi akan meninggalkan Indonesia. Prefek Scholten mendirikan suatu Dewan Paroki dan sepulangnya di Jakarta minta ijin untuk membenumkan 2 imam di sana. Namun permohonannya ditolak oleh Gouverneur Generaal Baud dan baru dikabulkan tahun 1838 oleh Gouverneur Generaal De Eerens.

Prefek Scholten pada tanggal 3 Februari 1842 naik kapal untuk cuti selama dua tahun di Eropa. Kesehatannya harus dipulihkan, apalagi beliau ingin memperjuangkan kepentingan-kepentingan misi baik di Roma maupun pada pemerintah Belanda.