Pastor Prinsen datang ke Batavia bersama-sama dengan Pastor Nelissen tahun 1808, dan pada akhir 1808 beliau ditugaskan di Semarang. Saat itu beliau berusia 29 tahun. Setelah Pastor Nelissen wafat, beliau diangkat menjadi Prefek Apostolik kedua.

Sampai tahun 1828, beliau masih menetap di Semarang. Atas desakan Komisaris Jendral du Bus de Ghisignies pindah ke Jakarta. Pada permulaan 1830 Prefek Prinsen pulang ke Belanda karena kesehatannya mulai menurun. Dengan kapal yang sama du Bus de Ghisinies pulang ke Belanda juga