Beliau lahir di Muntilan-Jawa Tengah tanggal 20 Desember 1934, dan dibaptis keesokan harinya tanggal 21 Desember 1934 di Gereja St. Antonius Muntilan. Setelah menyelesaikan pendidikan di Seminari Menengah di Mertoyudan Magelang, beliau masuk Novisiat Jesuit di Girisonta pada tanggal 7 September 1957 dan ditahbiskan menjadi imam oleh Kardinal Justinus Darmajuwono Pr di Yogyakarta pada tanggal 18 Desember 1969. Bapa Suci Yohanes Paulus II pada tanggal 21 Februari 1983 menunjuk beliau sebagai Uskup Agung Semarang, diumumkan secara resmi tanggal 9 April 1983, dan ditahbiskan pada tanggal 29 Juni 1983 oleh Kardinal Justinus Darmajuwono Pr. Melalui Decretum tertanggal 28 April 1984 dan diumumkan secara resmi 25 Juni 1984, ditunjuk sebagai Uskup bagi Umat Katolik di Lingkungan militer dan polisi oleh Tahta Suci. Pada tanggal 17 November 1988 dipilih menjadi Ketua Konferensi Waligereja Indonesia sampai dengan tahun 1997. Kemudian beliau angkat menjadi Kardinal pada tanggal 30 Oktober 1994 oleh Bapa Suci Yohanes Paulus II dan pelantikan pada 26 November 1994 di Vatikan, Roma.

Kardinal Julius Darmaatmadja diangkat menjadi Uskup Agung Jakarta pada 11 Januari 1966 dan sejak 29 Juni 1996 pindah ke Jakarta dan menjabat sebagai sebagai Uskup Agung Jakarta sampai sekarang.