Lahir di Reusel, dekat perbatasan selatan Negri Belanda pada tanggal 6 Desember 1881. Anak seorang kepala dusun ini, sejak kecil memang pintar dan sangat menonjol diantara teman-temannya. Bahkan dia yang sepanjang hidupnya selalu tampak agung dan tenang ditunjuk untuk menjadi pemimpin korps musik di Sekolah Apostolik Turnhout. Petrus Willekens masuk Serikat Yesus dan langsung menyelesaikan studinya, ia diberi tugas yang penuh tanggungjawab, yaitu membimbing frater novis yang baru mulai masa percobaan untuk menjadi Yesuit. Setelah melaksanakan tugas selama delapan tahun, beliau diangkat menjadi rektor Sekolah Tinggi Theologia di kota Maastricht, sampai beliau ditugaskan bertolak sebagai visitator ke Indonesia. Seorang Visitator diangkat oleh Pater Jenderal Serikat Yesus di Roma untuk mengunjungi dan meneliti karya-karya dan mutu kerasulan di wilayah Serikat Yesus tertentu. Pada tahun 1928 selama sepuluh bulan dengan penuh perhatian beliau meninjau seluruh karya Serikat Yesus di Pulau Jawa sampai ke pelosok-pelosok. Sepulangnya dari Jawa, beliau diutus lagi ke India, Inggris kemudian Hongari dan Negri Inggris dengan tugas yang sama.

Pastor Petrus Willekens SJ diangkat sebagai Vikaris ketujuh pada 23 Juli 1934 oleh Paus Pius XI sedangkan tahbisan uskup di Katedral 3 Oktober 1934.

Kata-kata Santo Paulus kepada muridnya Timoteus "scio cui credidi" atau "aku tahu kepada siapa aku telah mempercayakan diri" menjadi pedomannya.

DI bawah pimpinan Mgr Willekens ini wilayah Jawa Tengah dipisah menjadi Vikariat Apostolik Semarang (1940). Kemudian disusul Prefektur Apostolik Sukabumi (1948).

Perubahan besar terjadi pada masa kepemimpinannya. Nusantara berhasil direbut Jepang dari Belanda dan Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya 17 Agustus 1945.

Setelah Belanda menyerah, banyak orang Belanda diintenir pasukan Jepang, termasuk pastor, bruder, dan suster. Berkat kelihainnya mengangkat diri sebagai 'Wakil Paus', Mgr Willekens bersama sekretarisnya Pastor L. Zwaans SJ tidak turut diintenir sehingga dapat memberikan pelayanan kepada umatnya. Tanpa memperhitungkan bahaya bagi dirinya, ia sering menghadapi para pembesar untuk membela hak asasi manusia. Dan itu tidak terbatas hanya pada orang Katolik saja.

Sekitar pertengahan tahun 1952, Mgr Willekens telah dibebas tugaskan oleh Sri Paus atas permintaannya sendiri dengan alasan kesehatannya. Akan tetapi kebanyakan orang yakin bahwa beliau mengundurkan diri dengan alasan-alasan yang lebih luhur : beliau, yang berkulit putih, mundur demi Indonesianisasi Gereja Katolik di Ibukota Republik Indonesia. Beliau memiliki gagasan-gagasan yang sangat luhur. Beliaulah yang mengambil inisiatif untuk memulai sebuah Seminari Tinggi untuk mendidik imam-imam diosesan, yang lazim disebut room-romo projo. Beliau juga mendirikan sebuah tarekat biarawati pribumi, beliau pulalah yang memberanikan diri mengajukan ke Roma nama calon Uskup dari generasi pribumi Katolik yang pertama.

Pada tanggal 27 Januari 1971 beliau wafat di Yogyakarta dalam usia 89 tahun dan dimakamkan di Muntilan.