22 Juli 1807, bersama dengan Pastor Lambertus Prinsen, beliau mulai naik kapal di Texel (Belanda Utara) menuju Batavia. Setelah melewati New York dan Afrika Selatan, mendarat di Jakarta pada tanggal 4 April 1808. Saat itu Pastor Nelissen berusia 55 tahun. Dua tahun sebelumnya, 1805 - 1806, beliau sudah bekerja selama beberapa bulan di daerah Tanjung Harapan Baik, sebagai pastor tentara, tapi permulaan 1806 sudah dipaksa pulang ketika koloni Belanda ini diduduki Inggris. Pada tanggal 8 Mei 1807, Pastor Nelissen diangkat menjadi Prefek Apostolik pertama oleh Paus Pius VII. Tapi tidak dijelaskan mana batas-batas daerah yurisdiksi prefek baru sampai tahun 1826 suatu dekrit baru dari Propaganda Fide menetapkan bahwa kekuasaannya meliputi seluruh "dominum Belgicum" atau "India orientalis Belgica" seperti lazim disebut dalam dokumen-dokumen dari Roma.

Saat itu para imam digaji pemerintah. Ongkos-ongkos yang dikeluarkan seperti perjalanan, menyewa rumah dan lain-lain ditanggung pemerintah karena mereka pertama-tama dikirim ke Indonesia untuk melayani kebutuhan-kebutuhan rohani orang-orang Eropa.

Pastor Nelissen mempersembahkan Misa Kudus pertama pada hari Minggu 10 April 1808. Kesan pertama beliau sangat optimis, malah dalam sepucuk suratnya beliau mengungkapkan harapan mudah-mudahan di pulau Jawa bisa didirikan Trappis seperti di Amerika Serikat untuk pendidikan anak-anak dan untuk menarik orang-orang kafir dengan teladan mereka yang suci.

Pada tanggal 6 Desember 1817 Prefek Apostolik pertama, Jacobus Nelissen meninggal dunia.